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Covid-19 : le virus « ne cesse de monter » dans les eaux usées alors que les urgences restent calmes, pourquoi les prochaines semaines seront décisives

Une station d’épuration des eaux usées dans le Nord (photo d’illustration)
Photo : Serge Ottaviani / Wikimedia Commons, licence CC BY-SA 4.0

Deux indicateurs, deux messages. D’un côté, les passages aux urgences et les consultations pour Covid-19 sont stables ou en baisse, selon le bulletin de Santé publique France publié mercredi 21 octobre. De l’autre, la présence du virus dans les eaux usées « ne cesse de monter », alerte l’épidémiologiste Antoine Flahault auprès d’actu.fr. Une discordance qui rend la suite de la vague d’automne difficile à prévoir.

Que montrent les eaux usées ?

Depuis la pandémie, des stations d’épuration analysent régulièrement la quantité de matériel génétique du SARS-CoV-2 rejeté par la population. L’avantage : ce signal capte aussi les personnes qui ne consultent pas ou ne se testent plus. Cette semaine, il continue d’augmenter. Pour Antoine Flahault, professeur à l’université Paris Cité, il est encore « difficile d’affirmer » que le pic de la vague automnale est atteint. L’épidémiologiste rappelle que cet outil reste récent pour les virus respiratoires : on ne sait pas encore s’il annonce une vague en formation ou s’il est en décalage avec la baisse de l’incidence.

Que disent les urgences et les médecins ?

Santé publique France décrit pour l’instant « un faible impact sur le recours au soin », avec une activité globalement stable en ville et à l’hôpital, après un pic en septembre. Un signal mérite pourtant l’attention : la semaine du 12 au 18 octobre, les suspicions de Covid lors d’un passage aux urgences ont augmenté de 17 % chez les 75 ans et plus, selon le réseau Oscour. C’est précisément la population la plus exposée aux formes graves. Certains départements sont plus touchés que d’autres par les hospitalisations, selon les cartes publiées par actu.fr et L’Express à partir des données de Santé publique France.

Qui doit se faire vacciner, et combien ça coûte ?

La campagne a démarré le 13 octobre, en même temps que celle contre la grippe, comme nous l’expliquions dans notre article sur la vaccination grippe et Covid. La prise en charge à 100 % concerne :

  • les personnes de 65 ans et plus ;
  • les femmes enceintes ;
  • les personnes atteintes de certaines maladies chroniques, d’obésité, de trisomie 21, de troubles psychiatriques ou de démence ;
  • les résidents d’établissements médico-sociaux et de soins de suite ;
  • l’entourage des personnes immunodéprimées.

Les autres peuvent aussi se faire vacciner : le vaccin est fourni gratuitement, mais l’acte d’injection reste à leur charge, avec un remboursement partiel (70 % en pharmacie, 60 % chez un infirmier), indique le ministère de la Santé. Les deux vaccins, grippe et Covid, peuvent être faits le même jour.

Pourquoi les prochaines semaines comptent-elles ?

Si le signal des eaux usées se confirme, une hausse des consultations devrait suivre dans les deux à trois semaines, au moment où la grippe commence en général à circuler. Antoine Flahault souligne aussi que la couverture vaccinale du rappel Covid reste très faible en France, trop pour freiner la circulation du virus : le vaccin protège surtout les personnes vulnérables des formes sévères.

Questions fréquentes

Faut-il encore se tester ? Oui en cas de symptômes et de contact avec une personne fragile, pour adapter ses gestes.

Quand est publié le prochain bulletin ? Santé publique France publie un point chaque mercredi.

Sources : actu.fr (entretien avec Antoine Flahault), bulletin de Santé publique France du 21 octobre 2026, ministère de la Santé, L’Express.

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